پسرش ابوسعید بهادرخان به هنگام جانشینی بیش از سیزده سال نداشت، از این رو به سادگی آلت دست امیران و وزیران قرار گرفت. عشق به شراب و حرمسرا هم او را از پرداختن به امور مملکت مانع شد به همین دلیل ساده‌تر آن دید که آن را به امیر چوپان واگذار کند. طولی نکشید که زمینه‌های رشد و ترقی که توسط اخلاف بهادر خان، بنیانی یافته بود به دست این ایلخان بر باد رفت. اجحاف و تعدی به مردمان، طغیان امیر چوپان و پسرش امیر تیمورتاش و داستان‌های عشقی و بد نامی بهادر خان، رفته رفته حکومت ایخانان را فروپژمرد. افزون بر این رقابتها مدعیان قدرت و تحریکات مخالفان نیز قدرت این سلاله را به تحلیل برده بود. قتل امیر اشرف «۷۵۹ ق / ۱۳۵۸ م» واپسین امیر ایلخانی، زوال و فرومردن نهایی این سلاله را اعلام داشت.

پایان کار مغولان 

دوران ایلخانان هر چند با نظم و انضباط آغاز شد، اما در بی نظمی و هرج و مرج مقاومت ناپذیری پایان یافت. به طوری که تجربه حکومت ایلخانان در ایران دگرگونی اجتماعی جالبی را در تاریخ به معرض آزمون آورد. این که در فاصله دو نسل، ایلخانان اسلام آوردند، تجربه انحلال قوم فاتح را در فرهنگ قوم مغلوب یک بار دیگر در تاریخ ایران به صورت یک واقعیت تسلی بخش و قابل اعتماد به منصه ظهور رساند. سلاله یک قوم مهاجم سرانجام در طی دو نسل، مدافع قلمرو ایران شدند که از آن در برابر تهاجمات دیگران و هجوم بیگانگان جانانه دفاع کردند. ارتباط آنهادست کم شروع جالبی برای روابط بازرگانی شرق و غرب شد.

توسعه علوم در عهد مغولان 

در عصر آنها طب، نجوم و ریاضیات در ایران توسعه قابل ملاحظه‌ای یافت. به طوری که عدم توجه این قوم به زبان فارسی نیز با اظهار علاقه زیادی که به تاریخ نشان می‌دادند جبران شد. چرا که کتابهای تاریخی قابل ملاحظه‌ای در این دوره به فارسی تدوین شد که جامع التواریخ (تاریخ رشیدی) در آن میان شاید نخستین تجربه موفق در نگارش دسته جمعی و گروهی تاریخ بود. به علاوه توجه برخی از این ایلخانان به ایجاد بناهای عظیم و آبادانی، در خاطر نسلهای بعدی به منزله جبران گذشتهٔ اخلاف وحشی این قوم در ایران بود، چنان که پیدایش سبک تلفیقی ممتاز در تاریخ معماری ایران، نتیجه کوششهای برخی از این امیران بود.

ملوک الطوایفی در ایران در پایان عهد ایلخانان 

بلیه مغولان و حکومت ایلخانان در ایران، دوره‌ای از افول و انحطاط ایرانیان را به همراه آورد. زوال اخلاق و معنویات و رواج دکان ریا و میدان دار شدن مدعیان و متشبهان و کارگزاران ناشایست و مال اندوز، بر پریشانی اوضاع و نابسامانیهای اجتماعی هر چه بیشتر می‌افزود. در پایان روزگار ایلخانان و ضعف و زوال قدرت آنان، سرزمین ایران، شاهد ظهور دوباره ملوک‌الطوایفی در عرصه فرمانروایی از یک سو و نهضت‌های مردمی و انقلابی با ماهیتی ضد دولتی از سوی دیگر شد. نهضت سربداران، جنبش سمرقند و نهضت عامّه، جلوه‌ای از روح مردم به تنگ آمده از اوضاع بود.

تصمیم ایران به عدم بازگشت به دنیای مغولان 

با آن که بعد از ایلخانان دولت کوته عمر چوپانیان و سلاله ماجراجو و بی ثبات ایلخانیان، توانستند دست کم برای مدتی کوتاه تفوق عنصر مغول را در عرصه رویدادهای سیاسی ایران حفظ نمایند، اما اعاده آن قدرت برای مغولان دیگر ممکن نشد. ادامه پاره‌ای از شیوه‌های حکومت و یاساهای مغول در قلمرو کوچک طغاتیموریان جرجان، و در دستگاه آل کرت و آل مظفر هم به پایندگی و بقای دنیای چنگیز خانی کمکی نکرد. هر چند ایران تا نیل به یکپارچگی و استقلال، هنوز راه درازی در پیش داشت، اما بازگشت به دنیای مغول هم، دیگر برایش تصور کردنی نبود. حتی تیمور، که با یورشهای خونین و وحشیانه‌اش، یک چند خاطره دوران چنگیز را باز به یاد آورد، موفق نشد آن دوران را از نو برقرار سازد. با اینحال، از پایان عهد ایلخانان تا عهد تیمور، نوعی ملوک الطوایفی در ایران ادامه یافت که دوام آن تقریباً سراسر کشور غرق در جنگهای محلی، هرج و مرجهای اداری و اغتشاشهای ناشی از ناامنی گردید، و غلبه جهل، فساد، ریا و دروغ را در تمامی رویدادهای عصر آشکار ساخت.

ملوک الطوایفی عصر مغول و نزاع‌های حکمرانان محلی

این ملوک الطوایفی که سراسر ایران زمین را دچار اغتشاشهای طولانی ساخت، خاندانهای گوناگون محلی را در برابر یکدیگر به پیکار واداشت. پیکارهای میان فرمانروایان محلی، باعث غارتها و کشت و کشتارهای بسیاری در آبادیها، شهرها، و ولایات گوناگون شد. این شهرها و ولایات هر از چندی دست به دست می‌گردیدند. از این میان؛ چوپانیان در آذربایجان و اران و ولایات جبال، جلایریان در عراق عرب و بعدها در تمامی قلمرو چوپانیان، طغا تیموریان در جرجان و خراسان غربی، آل کرت در هرات و خراسان شرقی، ملوک شبانکاره در بخشی از فارس، اتابکان فارس و قراختاییان در فارس و کرمان، آل اینجو در فارس و اصفهان، اتابکان لرستان بین اصفهان تا خوزستان، اتابکان یزد در ولایات تابع آن حوالی و شماری امیر نشین در طبرستان و مازندران که از هم مستقل و با هم در حال ستیز بودند.

هر چند برخی از این حکومتهای ملوک الطوایفی در فرجام روزگار ایلخانان بر افتادند، اما جدایی قلمرو آنها همچنان باقی ماند و حکومت ملوک الطوایفی که بعد از عهد تیمور هم به صورتهای دیگر ادامه حیات یافت، تا چندین سده بعد از بلیه مغولان، سرزمین ایران را عرصه تاخت و تاز و بی نظمی و اغتشاش کرد که رهایی از آن، نیازمند حکومت مرکزی مقتدر بود و نیل بدان تا عهد صفوی برای ایرانیان ممکن نشد.